La calificación no tiene en cuenta la presencia de OGM en un producto porque la mención "OGM" no es obligatoria más que cuando la presencia de OGM es superior a 0.9 %. Sin embargo, muy pocos ingredientes contienen hoy más del 0.9 % de OGM.
Si los ingredientes contienen menos del 0.9 % de OGM, esta indicación no es obligatoria y casi nunca se muestra. La detección de los OGM necesitaría realizar análisis en laboratorio, lo que es muy complejo y costoso.
En cambio, Yuka tiene en cuenta la presencia de sellos de acreditación ecológica. Estos certificados prohíben la utilización de los OGM, pero en todo caso toleran la presencia de trazas de OGM.