Bei der Bewertung werden Gentechnisch veränderte Organismen (GVO) nicht berücksichtigt, da der Hinweis darauf auf Produkten nur dann verpflichtend ist, wenn ihr Anteil im Produkt höher als 0,9 % beträgt. Heute enthalten nur sehr wenige Produkte einen höheren Anteil.
Wenn die Inhaltsstoffe weniger als 0,9 % GVO enthalten, besteht dagegen keine Kennzeichnungspflicht und dieser Prozentsatz wird praktisch nie freiwillig auf den Produkten angegeben. Der Nachweis von GVOs würde Laboranalysen erfordern, die sehr komplex und kostspielig sind.
Allerdings berücksichtigt Yuka das Bio-Label. Die Richtlinien für das nationale oder EU-Bio-Label verbieten die Verwendung von GVOs, erlauben aber Spuren davon.