A avaliação não leva em conta a presença de organismos geneticamente modificados (OGM), também conhecidos como transgênicos. Isso acontece porque a indicação "OGM" só é obrigatória quando sua presença ultrapassa um determinado limite, que varia conforme a regulamentação local (por exemplo, 0,9% na União Europeia e 1% no Brasil).
Na prática, alguns ingredientes, especialmente derivados de soja ou milho, podem conter OGM. Quando a presença é inferior a esse limite, essa informação não precisa ser indicada no rótulo. Detectar OGM abaixo desse limite exigiria análises laboratoriais específicas, que são complexas e custosas.
Por outro lado, a Yuka leva em conta a presença de certificações orgânicas, como o selo europeu Eurofeuille ou o selo brasileiro “Orgânico Brasil”. Essas certificações proíbem o uso de OGM, embora ainda possam tolerar a presença de traços acidentais.
